סדרי הלימוד והווי הישיבה הם שהפכו את ישיבת נהרדעא לאבן שואבת למיטב הבחורים. בית המדרש של הישיבה מלא על גדותיו בכל שעות היום והוא מהווה עדות לאהבה הגדולה של בחורי הישיבה לצוות הישיבה המסור. חדוות הלימוד בין כותלי הישיבה מדברת בעד עצמה, הן בלימודי הקודש ברוב שעות היום והן בשעות המוקדשות לשאר המקצועות.

סדר היום בישיבה כולל שלושה סדרים והוא אינו שונה במהותו מסדר היום הישיבתי המוקפד. סדר היום העמוס אינו סותר את חדוות הלימוד של הבחורים, ואת הקשר המיוחד שנוצר בין צוות הישיבה לבחורים.

לימודי החול בישיבה כוללים שלוש שעות ביום, כאשר כל יתר השעות מוקדשות ללימודי קודש.

תעודת הבגרות כוללת 42 יחידות לימוד כאשר ברוב המקצועות נבחנים ברמת 5 יחידות לימוד. ההשקעה בצוות המורים ובלמידה המשמעותית היא אבן הדרך להצלחה הגדולה של הבחורים במבחנים ובאחוז הגבוה  של בחורי הישיבה הזכאים לבגרות.

לצד ההווי והלימודים, בחורי הישיבה נהנים מארוחות מזינות ומושקעות, כחלק מהאני מאמין של הישיבה שכל בחור צריך לקבל מהישיבה את הטוב ביותר הן ברוחניות והן בגשמיות.