ישיבת נהרדעא מאמינה כי הפעילויות המיוחדות אותן מקיימת הישיבה, הן נדבך נוסף בהכנה של כל בחור לחייו מבית ומחוץ, בשנים שלאחר הלימודים בישיבה.
על מנת לגבש את התלמידים, הנהלת הישיבה מקיימת לאורך כל ימות השנה, מגוון רחב של אירועים שמטרתם לגבש את תלמידי הישיבה ולנסוך בהם את הכוחות הנדרשים להמשיך בעמל התורה.
כחלק ממפגשי הגיבוש, יוזמת הנהלת הישיבה שבתות גיבוש מחוץ לישיבה במהלך השנה, ימי מפגש בתקופת בין הזמנים, אירועי אבות ובנים עם האבות המגיעים ללמוד יחד עם בניהם בבית המדרש של הישיבה, טיולים מושקעים המגבשים ומלכדים את בני הישיבה, ערבי זיצים עם מיטב האמנים במוסיקה החסידית והיהודית בשירה משותפת, ופעילויות נוספות.